vrijdag 15 oktober 2010

Breuk?! Nee, lay-out

Dit keer nog meer uitleg bij fylogenetische bomen. De vorige keer ging het erom niet in de war te raken door de lay-out. Elke fylogenetische boom is in principe opgebouwd uit v-vormige splitsingen. Als de splitsing er als Y uitziet, zijn links en rechts verwisselbaar in de lay-out: de lay-out mag draaien om de vertikale as. Als de splitsing er als liggende Y uitziet (nou ja, zo iets, v open naar links), zijn boven en beneden verwisselbaar in de lay-out: de lay-out mag draaien om de horizontale as. Bij een groot aantal soorten zijn dan veel lay-outs mogelijk ..

Lees altijd een fylogenetische boom van de de soorten die naast elkaar zitten, samen in een Y. Dan gaat het goed.

Dat is vorige keer gedemonstreerd aan figuur 2 uit het artikel van Johnson (en een hoop anderen auteurs) in Science van 2006: een figuur de acht groepen katten.


Figuur 1 van dat artikel geeft dezelfde groepen katten, maar ook alle soorten katten en ook wat beesten die voor vergelijking er bij gedaan zijn.


figuur 1 Johnson et al Science 2006.

Even kijken naar de overige beesten, getekend met zwarte lijntjes. Onder toepassing van de vorige blog over lay-out:

Alle katten samen als groep zijn meer verwant met de linsang (officiƫle naam Prionodon linsang, Engels banded linsang) dan met alle andere beesten.
De katten en de linsang samen zijn meer verwant met de (hyena + mangoeste + stokstaardje + fossa + palmcivet + genetkat) samen dan met enig ander beest uit enige andere groep, trouwens.

Er is nog wat lay-out in de figuur.
/ /
De lijn is daar onderbroken.
Betekent dat dat er een breuk is in de fylogenetische boom?

Nee – het betekent dat de lijn te lang was om in een plaatje van deze maat te passen. Lay-out, geen biologie.

Geen opmerkingen:

Een reactie plaatsen