maandag 11 oktober 2010

Een fylogenetische boom is een mobile (2)

Dit soort mobile:


ninja mobile

of, om terug te gaan naar de katten:


katten mobile

Een fylogenetische boom is ook dit soort mobile, die kan draaien om elke as.

De fylogenetische boom van de katten is eerder gegeven als:


Johnson et al 2006, Science, figuur 1

In hetzelfde artikel staat ook deze weergave van de fylogenetische boom:


Johnson et al 2006, Science figuur 2

Deze weergave van de boom geeft veronderstelde migraties van de acht groepen van de katten weer.

Ik vond dat laatste plaatje over genomen door een ander boek, nu als volgt:


Junker & Scherer 2006, figuur 3.20

Dat zou op zichzelf niets vreemds opleveren, maar er staat daar het volgende commentaar bij:
“.. die Vertreter letzgenannter Gruppen (Gruppen 2-5) jeweils näher mit 1 verwant sind als Gruppe 6.”
“vergeleken met groep 6 zijn de groepen 5 tot 2 steeds meer verwant met groep 1 ”.

Dat is fout.

De lay-out is hier verward met verwantschap.


Voorbeeld lay-out: hier heb ik v-vormige splitsingen getekend, maar het werkt hetzelfde voor vierkante harkjes.


lay-out a

In zo’n figuur, of het nu een schema is of een echte fylogenetische boom, zijn groep 7 en groep 8 het meest met elkaar verwant.

Daarna is groep 6 het meest verwant met groep 7 en groep 8 samen: zie hieronder:


Daarna is groep 5 het meest verwant met groep 6, groep 7 en groep 8 samen: zie hieronder.


Daarna is groep 4 het meest verwant met groep 5, groep 6, groep7 en groep 8 samen.


Daarna is groep 3 het meest verwant met groep 4, groep 5, groep 6, groep7 en groep 8 samen.


Daarna is groep 2 het meest verwant met groep 3, groep 4, groep 5, groep 6, groep7 en groep 8 samen


Daarna is groep 1 het meest verwant met groep 2, groep 3, groep 4, groep 5, groep 6, groep7 en groep 8 samen.


Elke soort in de groepen 2 tot en met 8 is even sterk verwant met elke soort in groep 1.

Elke soort in de groepen 3 tot en met 8 is even sterk verwant met elke soort in groep 2.
Elke soort in de groepen 3 tot en met 8 is even sterk verwant met elke soort in groep 1.

Elke soort in de groepen 3 tot en met 8 is sterker verwant met elke soort in groep 2 dan met elke soort in groep 1.

Elke soort in de groepen 4 tot en met 8 is even sterk verwant met elke soort in groep 3.
Elke soort in de groepen 4 tot en met 8 is even sterk verwant met elke soort in groep 2.
Elke soort in de groepen 4 tot en met 8 is even sterk verwant met elke soort in groep 1.

Elke soort in de groepen 4 tot en met 8 is sterker verwant met elke soort in groep 3 dan met elke soort in groep 2.
Elke soort in de groepen 4 tot en met 8 is sterker verwant met elke soort in groep 2 dan met elke soort in groep 1.

Zo dus: nooit een binnenliggende groep overslaan.

De lay-out kan verschillen.

Deze lay-out geeft dezelfde fylogenetische boom.


lay-out b

En deze lay-out geeft ook dezelfde fylogenetische boom (als ik me niet vergist heb met tekenen).


lay-out c

Het zal duidelijk zijn waarom de lay-out van voorbeeld a de voorkeur heeft.

De fylogenetische boom vertelt niet dat groep 2 meer verwant is met groep 1 dan groep 3 met groep 1. Dan vat je de lay-out verkeerd op.

************
R. Junker & S. Scherer, 2006. Evolution – ein kritisches Lehrbuch. Pascal Verlag Berlin.

Geen opmerkingen:

Een reactie plaatsen