tag:blogger.com,1999:blog-6399211197313259044.post4186826150929495116..comments2023-10-31T14:12:09.431+01:00Comments on Evolutiebiologie: Ordening in de ordesGerdien de Jonghttp://www.blogger.com/profile/00894162221492009289noreply@blogger.comBlogger10125tag:blogger.com,1999:blog-6399211197313259044.post-2402059654455565342010-01-09T11:27:36.055+01:002010-01-09T11:27:36.055+01:00Het lijkt me dat als het Linneaanse schema een dui...Het lijkt me dat als het Linneaanse schema een duidelijke hierarchische structuur had gehad die werkelijk de fylogenie vertegenwoordigde de methode van Hennig, dat is de cladistiek, niet zo controversieel was geweest. Iets van de sfeer van de controverse staat op blz 284 in het boek van Prothero. Als je het boek van Freeman & Herron hebt, 4de druk, kijk dan op figuur 4.3 - en ga na wat het systeem van Linnaeus daar van maakte.<br />Mijn volgende geplande post zal gaan over "Klassieke cladistiek" en de daarop volgende over het verschil in benadering tussen klassieke cladistiek en moleculaire benaderingen, maar het allemaal even moeten wachten.Gerdien de Jonghttps://www.blogger.com/profile/00894162221492009289noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-6399211197313259044.post-66191948172382724462010-01-09T11:11:07.332+01:002010-01-09T11:11:07.332+01:00Nu al even voor de duidelijk: ik claim NIET dat Li...Nu al even voor de duidelijk: ik claim NIET dat Linnaeus systeem een afstammingssysteem is, JUIST NIET. Dat kan nooit de bedoeling van Linneus geweest zijn. Linneus geloofde het grootste deel van zijn leven in fixed species. Maar wel dat de hierarchische classificatie achteraf evolutionair, phylogenetisch geinterpreteerd kan worden. JUIST omdat het een pre-evolutionair, pre-Darwinistisch systeem is, is het bij uitstek geschikt als onafhankelijke evidentie voor common descent. Het is juist een niet-circulair, niet-tautologisch argument. Het behoort tot het pattern, patroon itt proces.<br /><br />HET grote verschil met jouw ladenkast is dat jouw mappen en laden exclusieve groepen zijn, maar Linnaeus systeem heeft inclusieve groepen: groups within groups. DAT is het grote verschil met pre-Linneaanse indelingen.<br />ALS je het perse zo wil opvatten, dan was het op z'n minst een ladenkast met mappen en submappen.gert korthofhttp://evolutie.blog.comnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-6399211197313259044.post-54333424700021310322010-01-09T10:50:54.049+01:002010-01-09T10:50:54.049+01:00"maar zei Darwin echt dat de indeling opgevat..."maar zei Darwin echt dat de indeling opgevat kan worden als een aanwijzing voor gemeenschappelijke afstamming? "<br />"Die denkwijze is het Linneaanse systeem vreemd. Het is een indeling, geen afstammingsschema. Desondanks".<br /><br />Ik kom hier grote misverstanden tegen. Ik ga hier een post over maken: een vervolg op de serie THE ORIGIN THEN AND NOW, want het blijkt toch hard nodig. Dat gaat niet in deze te kleine ruimte.gert korthofhttp://evolutie.blog.comnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-6399211197313259044.post-46624632832623513542010-01-08T18:55:26.121+01:002010-01-08T18:55:26.121+01:00Mayr zei dit wel in 2001, nadat de fylogenetische ...Mayr zei dit wel in 2001, <i>nadat</i> de fylogenetische benadering algemeen aanvaard was. Het klinkt me in de oren als interpretatie achteraf.<br /><br />Het Linneaanse systeem geeft iets als hangmappen in laden in een ladenkast. Bij Linnaeus, zie voorbeeld, is het nog maar de vraag of elk taxon opgevat kon worden als afstammelingen van de naaste gezamenlijke voorouder. Als je zijn cohort 'nageldieren' (zie figuur boven) neemt, is dat hogelijk de vraag. Linnaeus geeft (natuurlijk) zelf deze interpretatie niet. <br /><br />Bovendien heb je bij Linnaeus: klassen reptielen, vogels, zoogdieren, amphibieen, vissen. Daar gaat het bij het Linneaanse systeem echt niet om "descendants from the nearest common ancestor". Die denkwijze is het Linneaanse systeem vreemd. Het is een indeling, geen afstammingsschema. Desondanks zie je her en der in de indeling iets hierarchisch optreden: geslacht Felis, familie Felidae, orde Carnivora. In het Linneaanse systeem is gaat het dan niet om afstamming, maar om netjes ordenen. De suggestie van afstamming kun je niet in de Linneaanse systematiek onderbrengen.<br /><br />Het is iets dat nagezocht kan worden, maar zei Darwin echt dat de indeling opgevat kan worden als een aanwijzing voor gemeenschappelijke afstamming? Darwin doet dat niet bij zijn eigen studie van de eendenmossels / zeepokken.Gerdien de Jonghttps://www.blogger.com/profile/00894162221492009289noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-6399211197313259044.post-24702489541545647002010-01-08T15:39:48.460+01:002010-01-08T15:39:48.460+01:00Ik zie niet dat dat een weerlegging is van de bewe...Ik zie niet dat dat een weerlegging is van de bewering dat het Linneaanse classificatie systeem hierarchisch is en dat dat verklaard wordt door common descent.<br />Zie: Ernst Mayr, 2001, What Evolution is, p.22-24<br />The nature and causation of this [Linnaenan] grouping, was a riddle until Darwin showed that is was due to common descent. Each taxon could be explained as consisting of the descendants from the nearest common ancestor.<br />Classification now had an explanation. p.24.<br />Verwerp je Mayr's redenering?gert korthofhttp://evolutie.blog.comnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-6399211197313259044.post-87970424262187435612010-01-07T15:35:43.078+01:002010-01-07T15:35:43.078+01:00Bij http://evolutiebiologie.blogspot.com/2009/07/g...Bij http://evolutiebiologie.blogspot.com/2009/07/gesorteerde-groep-en-fylogenetische.html<br />laat ik zien wat er gebeurt als je een clusterprogramma op toevalsgegevens loslaat.Gerdien de Jonghttps://www.blogger.com/profile/00894162221492009289noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-6399211197313259044.post-80670218104464575192010-01-07T11:41:48.493+01:002010-01-07T11:41:48.493+01:00"Het systeem van Linnaeus is namelijk niet ec..."Het systeem van Linnaeus is namelijk niet echt een groepen-binnen-groepen indeling. Het is eigenlijk meer: hoe berg ik iets in een ladenkast op."<br />Schandelijk! Dat is een belediging voor Linnaeus! Hij had een hierarchisch systeem! species vallen binnen genera, genera vallen binnen families, etc. Niks ladenkast!gert korthofhttp://evolutie.blog.comnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-6399211197313259044.post-88111910933410578882010-01-07T09:13:49.118+01:002010-01-07T09:13:49.118+01:00Een tree kan mislukken of lastig worden vanwege in...Een tree kan mislukken of lastig worden vanwege integratie van Borna disease virus (BDV) in germline cells van zoogdieren en vogels op random manieren.gert korthofhttp://evolutie.blog.comnoreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-6399211197313259044.post-57594838459000550392010-01-06T19:00:32.085+01:002010-01-06T19:00:32.085+01:00Ik weet niet of Darwin een groepen-binnen-groepen ...Ik weet niet of Darwin een groepen-binnen-groepen indeling gebruikte als argument voor evolutie. Het systeem van Linnaeus is namelijk niet echt een groepen-binnen-groepen indeling. Het is eigenlijk meer: hoe berg ik iets in een ladenkast op.<br /><br />Er komt altijd een vertakkingspatroon uit een moleculaire indeling, omdat alle methodes een vertakkingspatroon geven. Bij voldoende resolutie in de gegevens krijg je een dichitome vertakking. Deze methode geeft de groepen-binnen-groepen indeling. Een groepen-binnen-groepen opstelling krijg je automatisch als je gaat sorteren, en niet alleen labelen. <br /><br />Evolutie voorspelt dat de vertakkingspatronen congruent zullen zijn bij onafhankelijke gegevens. <br /><br />Of de fylogenetische methode evolutie veronderstelt, en daarom niet gebruikt kan worden als argument voor evolutie, was een van de punten van onenigheid tussen de systematen: vooral als het over morfologie gaat. Voor zover ik kan overzien is dat argument onvoldoende geacht om de methode niet te gebruiken - het algehele bestaan van evolutie was niet zo'n groot punt als de mogelijkheid voor gedetailleerde evolutionaire hypotheses aan de hand van fylogenetische bomen.Gerdien de Jonghttps://www.blogger.com/profile/00894162221492009289noreply@blogger.comtag:blogger.com,1999:blog-6399211197313259044.post-16881900611336051742010-01-06T17:00:48.380+01:002010-01-06T17:00:48.380+01:00Interessant.
"Die andere manier van denken w...Interessant. <br />"Die andere manier van denken was dat de indeling van de beesten tegelijkertijd een hypothese over verwantschap zou geven."<br />" het is bijna niet meer voor te stellen dat een indeling geen hypothese over verwantschap geeft."<br />Is het nadeel niet dat je een onafhankelijke databron verliest, nl de systematische indeling in groepen (groups within groups) die je kunt gebruiken als bewijs voor common descent als je indeling per definitie fylogenetisch is? (met de methode kan er niets anders dan een boom uitkomen)?<br />Dus: Darwin kon het patroon groups-within-groups gebruiken als argument voor branching evolution. Maar verlies je dat argument niet, als al in je methode ingebakken zit dat er altijd een branching tree uit komt?<br />Snap je wat ik bedoel?gert korthofhttp://evolutie.blog.comnoreply@blogger.com