Posts tonen met het label soortvorming. Alle posts tonen
Posts tonen met het label soortvorming. Alle posts tonen

dinsdag 19 mei 2009

Een beetje meer een soort of een beetje minder

De Europese Wilde Kat is een beschermde soort bij officieel besluit van de meeste Europese landen, en zoals omschreven in Annex IV van de European Community Species and Habitat Direction. Verwilderde Huiskatten daarentegen zijn ongedierte. Daarom is het van belang om te weten of er werkelijk Europese Wilde Katten bestaan.


Moleculaire genetica maakt het gemakkelijk om een loslopende kat van een soort identificatie te voorzien. Basevolgorde in een stukje mitochondriaal DNA kan gebruikt worden, maar ook microsatellieten zijn heel handig. Microsatellieten zijn erg handig. Microsatellieten zijn kleine DNA motiefjes, die erg vaak herhaald worden. Vaak gaat het om herhaling van CA: ....CACACACA.. 123 keer, of 149 keer, of..... Het aantal keer CA is erg variabel. Zo’n herhaald motief zit op een vaste plek op het chromosoom (voor een bepaalde soort). Er zijn veel van dergelijke microsatellieten gevonden, in katten 253 verspreid over de chromosomen.

In Portugal werden 61 Huiskatten en 28 Wilde Katten – volgens hun vachtkleur – voor een aantal microsatellieten getypeerd. Neem bijvoorbeel microsatelliet Fa149 dat ligt op chromosoom B1 van de kat. Het allel met 134-voudige herhaling van CA werd 18 keer gevonden in Huiskatten, en nooit in Wilde Katten. Het allel met 138-voudige herhaling werd nooit gevonden in Huiskatten, maar 23 keer gevonden in Wilde Katten. Hier is duidelijk iets om mee te werken: sorteer de katten naar welke allelen ze hebben voor zoveel mogelijk microsatellieten.


In de gekozen methode gaat sorteren en groepen definieren gelijk op. De sorteermethode wil zo min mogelijk groepen die elk zo homogeen mogelijk zijn vinden. Wilde Kat of Huiskat wordt niet van te voren op grond van de vacht beslist, maar op grond van de kans, gegeven de microsatellieten van elk beest, om in groep A of groep B terecht te komen. Als de kans op groep A 0.90 blijkt, en de kans op groep B 0.10, dan is de verhouding van de kansen A/B 9, en de logarithme daarvan 2.19. Dergelijke getallen, de verhouding van de kans dat een kat op grond van zijn microsatellieten in de groepen wild en huis terecht komt, staat op de x-as in de figuur. Het aantal katten per kans staat naar boven toe uitgezet.



(Figuur 6 uit Lecis et al., 2006;
Italië figuur 6a: Europese Wilde Kat zwart; Hybrid cats, gekweekte hybriden, grijs; Huiskat wit;
Hongarije figuur 6b: Huiskat wit, wild levende katten grijs)


Het is duidelijk te zien dat in Italië Huiskat en Wilde kat twee vrijwel geheel gescheiden groepen vormen. Maar in Hongarije is er een grote populatie wildlevende huiskatten, een aantal beesten die op Europese Wilde Kat lijkt, en een behoorlijk aantal beesten die kruisingen zullen zijn tussen Huiskatten en Wilde Katten. Huiskatten en Wilde Katten zijn op weg één populatie te vormen.


In Italië gedragen Huiskat en Europese Wilde Kat zich als twee gescheiden populaties met andere genetische samenstelling, als twee soorten. In Portugal lieten 4 vande 28 bestudeerde Wilde Katten enige vermenging met Huiskat zien, maar zijn er geen grote aantallen hybriden. Het lijkt op dat in Portugal de Europese Wilde kat zich als een andere soort dan de Huiskat gedraagd. In Schotland zijn er duidelijk wild-levende Huiskatten en Wilde Katten, maar vormen de Wilde Katten genetisch een afgescheiden groep. In Hongarije is zeker 25% van de wild levende katten van gemengde afkomst, en lijkt iedere soortscheiding te verdwijnen. Europese Wilde Kat en Huiskat verhouden zich soms als verschillende soorten en soms meer één soort. ‘Soort’ is geen eenduidig begrip.


--------------------
M. Beaumont, E.M. Barratt, D. Gottelli, A.C. Kitchener, M.J. Daniels, J.K. Pritchard & M.W. Bruford, 2001. Genetic diversity and introgression in the Scottish wildcat. Molecular Ecology 10:319–336.
R. Lecis, M. Pierpaoli, Z.S. Birò, L. Szemethy, B. Ragni, F. Vercillo & E. Randi, 2006. Bayesian analyses of admixture in wild and domestic cats (Felis silvestris) using microsatellite loc. Molecular Ecology 15:119-131.
R.Oliveira, R. Godinho, E. Randi, N. Ferrand & P.C. Alves, 2008. Molecular analysis of hybridization between wild and domestic cats (Felis silvestris) in Portugal: implications for conservation. Conservation Genetics 9:1-11.
E. Randi, M. Pierpaoli, M. Beaumont, B. Ragni & A. Sforzi, 2001. Genetic identification of wild and domestic cats (Felis silvestris) and their hybrids using Bayesian methods. Molecular Biology and Evolution 18:1679-1693

vrijdag 15 mei 2009

Wilde kat en Wilde Kat.

Wilde katten zijn er genoeg. Sommige wilde katten zijn in het bos achtergelaten toen hun mensen met vakantie gingen, sommige wilde katten leven vrij in de stad sinds hun overopoe in een magazijn de muizen onder controle hield, en sommige wilde katten zijn Europese Wilde Kat. In 2006 is een Europese Wilde Kat even de grens overgestoken, en gesignaleerd:
http://www.mulder-natuurlijk.nl/Wilde%20katten.htm

Sommige katten zijn goed te herkennen als Huiskat. Poezie, rood-wit-zwart gevlekt, met een halsbandje, een chipje onder haar vel, en vriendelijk voor mensen, is duidelijk een huiskat. Cyper, met getijgerde grijs groezelige vacht met vage strepen en een domicilie in een boerderijstal, is een huiskat. Een Europese Wilde Kat is wat groter, vaag getijgerd met grijs groezelige vacht, en een dikke staat met een zwarte punt, woont in het bos, en laat zich niet zien. De volledige omschrijving van de kenmerken van de Europese Wilde Kat staat op:
http://www.mulder-natuurlijk.nl/Hoe%20herken%20je%20een%20wilde%20kat.htm

In Nederland is elke kat een huiskat (behalve degene die even zonder paspoort de grens overkwam – een privilege dat huiskatten niet hebben). In veel Europese landen komt de Wilde Kat wel voor. De Wilde Kat is in veel landen een beschermde soort: maar dan willen we wel graag weten dat het om Wilde Katten gaat, niet om verwilderde huiskatten! Dat is ongedierte!

Is een huiskat, al of niet verwilderd, ook een Europese Wilde Kat? Of zijn het twee verschillende soorten? Huiskat en Wilde Kat kunnen paren, als het moet. Kruisingen en hybriden zijn bekend. Kunnen kruisen geeft geen uitslag op de vraag of het twee soorten zijn: paarden en ezels kunnen ook gekruist worden, maar het zijn wel twee soorten. Gedragen huiskat en Wilde Kat zich als twee soorten? Kruisen ze niet als ze de vrije keus hebben? Dan zijn het formeel twee soorten. Of kruisen ze zo af en toe ook in het wild? Dan hebben we te maken met één soort met veel varieteiten. In formele biologische termen:
zijn het twee soorten, Felis catus (Huiskat) en Felis silvestris (Europese Wilde Kat)? Of is het één soort, Felis silvestris, eventueel met twee ondersoorten: Felis silvestris catus en Felis silvestris silvestris.

In Schotland is een onderzoek gedaan naar in het wild levende katten. De vraag was of in het wild levende katten in de Schotse Hooglanden Europese Wilde Katten waren, of verwilderde huiskatten, of Europese Wilde Katten met een beetje huiskat ingekruist. Van een groot aantal wild levende katten is bekeken of ze naar vacht en DNA huiskat of wilde kat zouden zijn. Eerst zijn ze gesorteerd op vacht: van huiskat tot Wilde Kat. Daarna is er een genetisch onderzoek gedaan: voor elke wild levende kat is zijn allellen voor negen genen gescoord, en dat is ook gedaan voor een controle groep huiskatten. Er is geen controle groep Wilde Katten, omdat voor Schotland niet bekend was of er onvermengde Wilde Katten voorkwamen. Dan is het mogelijk om te bekijken of wild levende katten genetisch overeenkomen met huiskatten of niet.

Voor elke kat is er een score voor hun vacht Daaruit is een score per kat berekend, het gemiddelde van de score is op nul gezet en de score voor elke kat staat op de x-as van het plaatje hieronder. Zoals te zien is hebben in huizen wonende katten scores die pieken bij omstreeks 0.75: dat is een kenmerkende score voor bij mensen wonende katten. De wild levende katten laten twee groepen zien: een groep met scores omstreeks 0.75 en een groep met scores omstreeks -0.25.



De groep met scores omstreeks -0.25 is natuurlijk de kandidaat om Europese Wilde Kat te zijn.

Daarna zijn de negen genen voor beide groepen bekeken. Uit de allelfrequenties bleek dat de twee groepen binnen de groep min of meer volgens toeval paren, maar dat de twee groepen onderling minder vaak paren.

Al met al zijn er Schotse Wilde Katten, genetisch vrij goed te herkennen met deze 9 genen en hun vachtkleur. En huiskatten. Maar er zijn ook wild levende katten met bv een zwarte vacht die voor de 9 genen Schotse Wilde Kat zijn, en een enkele bij mensen wonende huiskat die wat wilde genen heeft. Er is (in het verleden?) wel eens tussen Huiskat en Schotse Wilde Kat gekruist, maar het verschil tussen Huiskat en Schotse Wilde Kat is blijven bestaan. Dan heet het formeel: Felis silvestris catus en Felis silvestris silvestris, nou ja, Felis silvestris grampia, om de Schotten een plezier te doen.

Gebaseerd op:
M. Beaumont, E.M. Barratt, D. Gottelli, A.C. Kitchener, M.J. Daniels, J.K. Pritchard & M.W. Bruford, 2001. Genetic diversity and introgression in the Scottish wildcat. Molecular Ecology 10:319–336