een fylogenetische boom is een mobiel

Niet een mobieltje, als in ‘mobiele telefoon’, maar een mobiel: zo’n ding om aan het plafond te hangen. Dit soort mobiel:

figuur 1: een mobiel ‘ninja’s tegen piraten’

Om elk vertakkingspunt kan de mobiel draaien. Afstand kun je alleen meten door langs de ijzedraadjes en het garen te gaan.De ninja met het japanse zwaard en de piraat met het rapier zijn even ver van de springende piraat of ninja rechts op het plaatje.

Zo ook een fylogenetische boom:

boom 1

is dezelfde boom als

boom 2

en ook dezelfde boom als

boom 3.

Je mag afstanden alleen via de lijnen meten. De meeste mensen prefereren een lay-out als boom 2 boven een lay-out als boom 1. En vaak is er de neiging de diepste vertakking onderaan te zetten:

boom 4

Dat betekent niet dat evolutie gericht is op soort A of mitochondriale DNA sequentie A. Het betekent dat mensen deze lay-out mooier vinden.

Twee plaatjes van dezelfde fylogenetische boom van 16 Felis silvestris Wilde Katten, gemaakt met het plotprogramma TreeView op grond van de zelfde sortering:

unrooted

als phylogram.

Afstanden vind je alleen langs de lijnen. Het is de volgorde van de vertakkingen die belangrijk is, niet hoe ze op het papier verdeeld staan.